西暦2045年。リン・ミンメイの歌により第一次星間大戦が終結してから35年。新マクロス級7番艦マクロス7を中核とする第37次超長距離移民船団（通称マクロス7船団）は移民惑星を求め、銀河を旅していた。船団内の居住スペースには、地球と変わらぬ町並みが再現されており、100万人以上の市民が平和な日々をすごしていたが、ある日船団は正体不明の敵の奇襲を受ける（バロータ戦役）。彼らに「スピリチア」と呼ばれる生命エネルギーを奪われた兵士や市民は「生きる気力」とも言うべきものを失い、果ては生命活動を脅かすほどまでに影響を与える。
そんな中、ロックバンド「FIRE BOMBER」のボーカル・熱気バサラは、愛機VF-19改（ファイアーバルキリー）で戦場に乱入し、戦うことなく歌を歌い続ける。その行為に対しマクロス7を守る統合軍のエリートパイロット・ガムリン木崎は特に強い不快感を示し、FIRE BOMBERの新人ミレーヌ・ジーナスもバサラの意図を理解できず不満を募らせる。その一方で、敵味方の誰にも理解されない中で諦めず歌い続けるバサラに対しわずかながらその姿勢に共鳴する人々も現れ始める。ミレーヌとガムリンは見合いをきっかけに次第に親密になり、バサラの生き方にも理解を示すようになってゆく。
バサラの歌はやがて敵の兵士の洗脳を解いたり、敵の中核的存在であるプロトデビルンを追い払うといった効果を発揮するようになる。それに着目した統合軍はFIRE BOMBERのメンバーを民間協力部隊「サウンドフォース」として指揮下に置く。歌をエネルギー化する装置を身に着けたサウンドフォースは襲い来るプロトデビルンを次々に撃退し、人々はそれに喝采を送るが、それは自分の歌を伝えたいというバサラの想いとは異なっていた。自分の歌が一向に伝わらないことで、バサラは歌う意味を求め放浪の旅に出かけ、その果てに迷いを振り切り再び歌い始める。
プロトデビルンとの戦いが激しさを増す中、バサラはただ銀河に向かって歌い続ける。その歌はやがてプロトデビルンの心を揺り動かすことになる。