毛小方（林正英饰）乃茅山派一代宗师，在甘田镇设伏羲道堂，以驱魔逐妖为己任，早负盛名。某日，女飞贼黑玫瑰（商天娥饰）潜入城中劫富济贫，却被毛破坏其事，瑰怀恨在心对毛多番戏弄。一次，瑰因取去慈禧（陈靖允饰）口中宝石，而触怒尸身，以致闹出慈禧与僵尸兵团到镇中扰攘。从此镇中无日安宁，最后幸得毛施展百般武艺，慈禧终得以收服。此时，毛之师兄雷罡（程东饰）与养女雷秀（文颂娴饰）亦到来，毛以为曾被赶出师门的罡改邪归正，于是收留他俩。岂料，罡实为夺掌门令牌而来，还从南洋苦练降头邪术，但走火入魔致双目失明，此回从返旧地，不怀好意，令毛险些送命。毛面对内忧外患，苦战连连，不但要对付四处作恶的娥妖和戏班冤魂，而热爱科学研究的舒宁（黎淑贤饰）及警察厅队长宋子隆（尹天照饰）亦不断加添毛的压力，最后毛亦得各人的谅解而合力铲除妖魔。可惜一波未平，一波又起，由于镇民无知，谟拜荒废的魔神庙，以致魔神出窍，毛知魔神作怪，于是阻止众人供奉之，但不果。最后毛得灵童（小柏林饰）启示，寻得七粒龙珠，并联诀僵尸兵团等歼灭魔神，从此甘田镇就回复往日的平静安宁。

亚视推出了《僵尸道长Ⅱ》后，当时很多人认为以传统茅山道术手法的电影再没发展前途的情况下，《僵尸道长Ⅱ》无疑是对这些看法作出了强有力的回击。（新浪娱乐评）