『新海底軍艦』（しんかいていぐんかん）は1995年12月21日に製作されたOVA作品。全2話。映画『海底軍艦』を元にしたオリジナルストーリーであり、デザイン・設定も全く異なり、「旧日本海軍の設計したドリル付きの巨大万能艦が活躍する」という設定以外、小説、映画版いずれの『海底軍艦』と全く関連がない。
　　1945年8月、太平洋戦争末期。日本海軍は大和型戦艦を改設計し、“地空人”から授かった超科学力を導入した巨大な海底軍艦「羅号」を外洋に脱出させていた。しかし、同じ能力を持ったアメリカ海軍の海底軍艦「リバティー」に追撃され、両者は差し違えて共に海の藻屑となる。
　　そして、半世紀あまりが経過した現代。南極に巨大な円柱が出現。調査に向かった有坂剛らは円柱からの攻撃を受ける。そこへ現れたのは、半世紀前に沈没したはずの羅号であった。
　　ストーリーは完結せず、羅号がさらなる決戦のひかえる「地空」へ向かうところで終わってしまう。