時は1582年。場所は本能寺。その日、明智光秀が謀反を起こし、燃え盛る炎の中で、織田信長は絶体絶命の危機に瀕していた。その最中、信長は遮光器土偶に似た謎の生命体に遭遇する。時は流れ、現代。台湾に修学旅行に来ていた、人づきあいの苦手なごく普通な女子高生「小椋しお」。突如、出現した謎の巨大怪獣「進化侵略体」に、襲撃を受けるが、しおは信長の魂を受け継ぐ、「E遺伝子ホルダー」に何もわからぬまま助けられ、九死に一生を得るのであった…。「しお」の持つ奇妙な運命は！？　そして「進化侵略体」との戦いが今ここに開戦！